御嶽山麓は、豊かな水に恵まれ森林を形成し、多くの植物を育んでいます。
標高500ｍ～3,000mという標高差ゆえ、植生の垂直分布の変化がもっとも典型的に見られ、低山帯樹木のヒノキから、シラビソ、コメツガなどの亜高山帯樹林、高山帯樹木のハイマツやコマクサなどの高山植物まで様々な植物が観られれます。
また、滝めぐりの入り口ともいえる一の鳥居から巌立公園の間には、林道沿いにタマアジサイが群生し、人気の場所となっています。